浙江省舟山海洋生態(tài)環(huán)境監(jiān)測站是1987年由國家環(huán)保局和浙江省人民政府批準在原舟山市環(huán)境監(jiān)測站的基礎上建立的，是全國環(huán)保系統(tǒng)目前唯一的專業(yè)海洋生態(tài)環(huán)境監(jiān)測一級站。本站具有獨立法人資格，行政上隸屬浙江省環(huán)保廳和舟山市人民政府的領導，業(yè)務上受中國環(huán)境監(jiān)測總站和浙江省環(huán)保廳指導，是具有技術監(jiān)督管理職能的社會公益性事業(yè)單位。1994年國家環(huán)保局組建近岸海域環(huán)境監(jiān)測網，我站任組長單位。1997年6月國家環(huán)?？偩衷诒菊緬炫啤皣噎h(huán)?？偩纸逗Ｓ颦h(huán)境監(jiān)測網中心站”，2002年6月調整為“中國環(huán)境監(jiān)測總站近岸海域環(huán)境監(jiān)測中心站”。是全國近岸海域環(huán)境監(jiān)測網絡的技術中心、信息中心和管理中心。2002年浙江省環(huán)保局批復設立浙江省海洋生態(tài)環(huán)境科學研究所。2013年6月1日，本站搬遷至位于舟山市新城體育路20號的新實驗辦公大樓，大樓占地5720.5平方米、總建筑面積11937.8平方米。實驗室配有271臺（套）各類采樣及分析設備，主要設備有：三重四級桿氣質聯用儀、電感耦合等離子體質譜儀、電感耦合等離子發(fā)射光譜儀、液質聯用儀、氣相色譜儀、離子色譜儀、分子熒光光度計、流動注射儀、原子吸收分光光度計、有機碳測定儀、粒度儀、熒光生物顯微鏡及圖像工作站、倒置生物顯微鏡等一系列先進儀器，各類儀器設備的功能基本滿足各項實驗分析的需要，另有站局域網和數據傳輸網絡設備各一套。擁有一艘498總噸的科學調查船，船上配有基本的通訊、導航設備和3個海洋環(huán)境調查監(jiān)測實驗室。配備一輛環(huán)境應急監(jiān)測車,車上配有大氣自動監(jiān)測系統(tǒng)、氣象系統(tǒng)、便攜式氣相色譜儀、多參數水質監(jiān)測儀、輻射監(jiān)測儀、應急監(jiān)測箱及應急數據傳輸系統(tǒng)。1996年首次通過國家級計量認證，通過多年來的計量認證復評審、擴項評審及監(jiān)督評審，監(jiān)測工作質量管理體系日臻完善。目前，有資質開展的監(jiān)測項目包括水（含大氣降水）和廢水、環(huán)境空氣和廢氣、土壤/底質/固體廢棄物、噪聲、海水水質、海洋沉積物/生物體、海洋生物、室內空氣、電磁輻射、電離輻射等共十四大類339項523個參數。從事海洋環(huán)境監(jiān)測工作三十多年來，經歷了由小到大、由弱到強的發(fā)展過程，海洋生態(tài)環(huán)境監(jiān)測技術手段和技術力量逐步得到加強，具備飲用水109項全項目監(jiān)測分析能力及全面開展海洋生態(tài)環(huán)境調查監(jiān)測、進行海洋生態(tài)環(huán)境監(jiān)測研究和參與國際合作項目的條件和能力，以適應和滿足海洋環(huán)境管理工作的需要。