上海市水務局，為市政府組成部門。上海市海洋局與上海市水務局合署辦公。其主要職責是：(一)貫徹執(zhí)行有關水務、海洋管理的法律、法規(guī)、規(guī)章和方針、政策；研究起草有關水務、海洋管理的地方性法規(guī)、規(guī)章草案和政策,并組織實施有關地方性法規(guī)、規(guī)章和政策。(二)根據本市國民經濟和社會發(fā)展的總體規(guī)劃,負責編制本市水務、海洋專業(yè)規(guī)劃、中長期發(fā)展規(guī)劃和年度計劃,并組織實施；會同有關部門制定本市水功能區(qū)劃、海洋功能區(qū)劃；參與制定流域防洪、水資源和海區(qū)海洋經濟、資源、環(huán)境等規(guī)劃。(三)負責本市水資源(地表水、地下水)的統(tǒng)一管理和保護；負責制定水資源中長期供求計劃、水量分配和調度方案并監(jiān)督實施；組織實施取水許可制度、排水許可制度和水資源費征收工作；核定水域納污能力,提出限制排污總量建議；負責計劃用水、節(jié)約用水工作。(四)會同市有關部門管理灘涂資源,組織編制灘涂開發(fā)利用和保護規(guī)劃、年度計劃并監(jiān)督實施；負責本市長江河道的采砂管理。(五)主管防汛抗旱工作,承擔市防汛指揮部日常工作。(六)主管本市水文工作,組織實施水文水資源監(jiān)測、水文站網建設和管理,發(fā)布水文水資源信息、水文情報預報和水資源公報。(七)負責水利、供水、排水行業(yè)的管理,并承擔相應的監(jiān)管責任；研究提出有關水務的價格、財務等經濟調節(jié)意見,參與對水務、海洋管理資金使用的管理。(八)主管本市河道、湖泊、江海堤防,負責本市水務工程建設和管理；組織、指導和監(jiān)督水務工程設施的建設和運行管理；負責本市水務建設工程質量和安全監(jiān)督管理；負責實施具有控制性或跨區(qū)域的重要水利工程的建設和運行管理。(九)負責農村水利工程,組織、指導農田水利基本建設,會同市有關部門組織實施水土保持工作。(十)負責本市海域海島的監(jiān)督管理；審核海域使用申請,實施海域權屬管理和海域有償使用制度；負責海底電纜、管道審批和監(jiān)督管理；負責本市海域勘界、海洋基礎數(shù)據管理；負責綜合協(xié)調海洋事務。(十一)承擔保護海洋環(huán)境的責任,組織海洋環(huán)境調查、監(jiān)測、監(jiān)視和評價；會同有關部門制定地方海洋環(huán)境保護與整治規(guī)劃、標準、規(guī)范,執(zhí)行國家確定的污染物排海標準和總量控制制度；負責防治海洋工程項目和海洋傾廢對海洋污染損害的環(huán)境保護工作；核準海洋工程環(huán)境影響報告書；監(jiān)督管理海洋自然保護區(qū),負責海洋生態(tài)環(huán)境保護；負責海洋環(huán)境觀測預報和海洋災害預報警報。(十二)依法實施水行政執(zhí)法和海洋行政執(zhí)法,查處違法行為；協(xié)調部門間和區(qū)縣間的水事糾紛,負責協(xié)調水務、海洋突發(fā)事件的應急處理；監(jiān)督管理涉外海洋科學調查研究、海洋設施建造、海底工程和其他海洋開發(fā)活動。(十三)研究制定水務和海洋發(fā)展的重大技術進步措施,組織海洋基礎與綜合調查和水務、海洋重大技術攻關；組織實施國家有關水務、海洋技術質量標準和規(guī)程、規(guī)范,承擔地方標準的起草。(十四)承擔有關行政復議受理和行政訴訟應訴工作。(十五)承辦市政府交辦的其他事項。