連云港海事局是交通部設置在連云港的直屬海事機構(gòu)，其前身為1987年2月18日交通部組建的交通部連云港海上安全監(jiān)督局，為副局級單位。1999年12月28日，改為中華人民共和國連云港海事局并正式掛牌組建，為交通部直屬一級行政單位。2002年6月1日，部決定連云港海事局作為江蘇海事局分支機構(gòu)進行管理，對外仍保留直屬海事局序列。2004年6月-10月，連云港海事局完成與連云港市、鹽城市地方海事機構(gòu)的劃轉(zhuǎn)交接工作，鹽城海事局、灌河海事處等單位先后掛牌成立。2013年6月，連云港海事局按照直屬海事系統(tǒng)“轉(zhuǎn)公”要求，完成核編轉(zhuǎn)制和內(nèi)設機構(gòu)調(diào)整。2014年1月1日，鹽城海事局管理關系從連云港海事局調(diào)整到江蘇海事局。2016年5月10日，根據(jù)交通運輸部《關于調(diào)整長江海事局、江蘇海事局、連云港海事局管理關系的通知》要求，連云港海事局與江蘇海事局簽訂《江蘇海事局連云港海事局管理關系調(diào)整交接協(xié)議》，連云港海事局調(diào)整由部海事局直接管理，鹽城海事局由江蘇海事局成建制劃轉(zhuǎn)連云港海事局，作為分支機構(gòu)進行管理。目前，連云港海事局下設部門、單位23個。為辦公室、黨組工作部、紀檢監(jiān)察處、綜合計劃處、人事教育處、財務會計處、直屬機關黨委辦、法規(guī)規(guī)范處、指揮中心、通航管理處、船舶監(jiān)督處、危管防污處、船員管理處、科技信息處、政務中心、船員考試中心、交管中心、鹽城海事局、連云海事處、墟溝海事處、灌河海事處、贛榆海事處、后勤管理中心。根據(jù)《交通運輸部關于中華人民共和國連云港海事局主要職責機構(gòu)設置和人員編制規(guī)定的通知》（交人勞發(fā)[2013]245號），連云港海事局主要職責為：一、貫徹和執(zhí)行國家水上交通安全、航海保障、船舶和水上設施檢驗、環(huán)境保護、海洋管理等方面的法律、法規(guī)和規(guī)章，實施有關多邊與雙邊國際條約，結(jié)合本轄區(qū)實際情況，制定實施細則，并監(jiān)督執(zhí)行。二、管理或負責規(guī)定區(qū)域內(nèi)國際航行船舶和國內(nèi)航行船舶的船舶登記，以及船舶法定配備的操作性手冊與文書審核簽發(fā)工作；負責轄區(qū)內(nèi)外國籍船舶管理工作和審理外國籍船舶（包括港澳地區(qū)船舶）進入本轄區(qū)未開放水域或港口的申請，并按規(guī)定程序上報審批；負責口岸的海事管理工作。三、按照授權，負責船舶檢驗機構(gòu)、引航機構(gòu)、船員服務機構(gòu)、海員外派機構(gòu)和培訓機構(gòu)的監(jiān)督管理工作；負責轄區(qū)航運公司安全與防污染監(jiān)督管理工作，以及船舶所有人、經(jīng)營人實施有關法律、法規(guī)、國際公約的指導和管理工作。四、按照授權，負責船員、引航員、磁羅經(jīng)校正人員和海上設施工作人員適任資格的注冊、培訓、考試和發(fā)證管理、船員服務簿和海員出入境證件發(fā)放及管理、船員專業(yè)與特殊培訓管理及其考試發(fā)證工作。五、負責轄區(qū)內(nèi)重大水上交通事故、船舶重大污染事故處置及調(diào)查處理的組織、指揮和協(xié)調(diào)工作；負責組織、指導或具體實施邊轄區(qū)船舶防臺、搜尋救助及水上交通事故、污染事故、水上交通違法案件的調(diào)查處理工作。六、管理、指導或具體負責轄區(qū)內(nèi)“船旗國”“港口國”和“沿岸國”管理、船舶安全檢查、國際航行船舶進出口岸查驗、國內(nèi)航行船舶進出港簽證、強制引航監(jiān)督、船舶保安和防抗海盜、船舶載運危險貨物及其他貨物的安全監(jiān)督、靠泊安全監(jiān)督、防治船舶污染水域監(jiān)督等工作。七、管理、指導或具體負責轄區(qū)內(nèi)“沿岸國”管理、海區(qū)（或水域）巡邏、通航環(huán)境管理與通航秩序維護、水上水下施工作業(yè)審核及監(jiān)督管理、錨地和重要水域劃定、港區(qū)岸線使用審核、航行警（通）告發(fā)布等工作。八、負責船舶港務費、港口建設費、船舶油污損害賠償基金等非稅收入的征收管理工作。九、負責管理、指導本局機關和所屬分支機構(gòu)的海事業(yè)務、法制、規(guī)劃計劃、基本建設、財務會計、固定資產(chǎn)、規(guī)費征收、干部人事、勞動工資、技術裝備、科技教育、政務信息、黨群、審計、紀檢監(jiān)察、精神文明建設、宣傳等工作。十、承辦交通運輸部、交通運輸部海事局交辦的其他事項。